特定技能1号更新、納税証明でストップ！？特別徴収一部未納でも申請できる？

質問内容）

① 相談種別： 特定技能1号の更新

② 申請種別： 更新

③ 状況概要： 特定技能1号で雇用している従業員の更新申請における所属機関の添付書類について。法人住民税本税は完納しているものの、従業員特別徴収分の一部（令和6年11月分、1名のみ）に未納が発生。市町村からは「未納なし（特別徴収分は除く）」という納税証明書であれば発行可能と言われている。在留期限は令和7年12月25日。

④ 質問内容： 特定技能1号の更新申請において、法人住民税本税は完納しているものの、従業員特別徴収の一部未納がある場合、「未納なし（特別徴収分は除く）」という市町村発行の納税証明書を添付書類として提出しても問題ないでしょうか？もし問題がある場合、どのように対応すべきでしょうか？理由書を添付するなどの対応が必要でしょうか？

 回答）

特定技能1号の従業員の方の更新申請における法人住民税の添付書類について、ご心配のことと存じます。

結論から申し上げますと、「法人住民税において市町村発行の納税証明書」として入国管理局が求めているのは、法人住民税の本税を含むすべての未納がない状態を示すものと解釈される可能性が高いです。

K市の見解通り、従業員特別徴収分も法人住民税の一部とみなされるため、「未納なし（特別徴収分は除く）」という証明書のみを提出した場合、条件を満たしていることの確認ができない点をもって不許可となるリスクがあります。

「公的義務履行に関する説明書」参考書式1―２７号で法人の項目が法人住民税のみとなっている点は、あくまで記載項目を示したものであり、実際に履行すべき義務の範囲を限定するものではないと考えられます。入国管理局は、企業が法令を遵守し、適切な納税を行っているかを総合的に判断するため、法人住民税全体（本税と特別徴収分を含む）の納付状況を確認すると考えられます。

考えられる対応策と留意点

最も推奨される対応は、可能な限り速やかに従業員特別徴収の未納分を納付し、「未納がない」状態の納税証明書を取得することです。市の担当者も、納付すればすぐに証明書が発行可能と言っていることから、これが最も確実な方法と言えます。在留期限までまだ時間がありますので、早急に納付の手続きを進めるべきです。

しかし、企業側の都合により今月中の支払いが難しいとのことですので、その場合の対応策としては以下のものが考えられますが、いずれも許可を保証するものではありません。

1. 「未納なし（特別徴収分は除く）」の納税証明書を提出し、理由書を添付する：
   • 納税証明書とともに、法人住民税本税は完納しているものの、従業員特別徴収の一部に未納がある理由、未納となっている従業員の人数と金額、そして具体的な納付予定日を明記した理由書を添付して申請する方法です。
   • 理由書には、現在支払いが難しい具体的な理由（例：経理処理の都合、支払いサイクルの関係など）と、いつまでに必ず納付するかの確約を記載し、誠意を示すことが重要です。
   • ただし、この対応で必ず許可されるとは限りません。入国管理局の判断によっては、未納があることを理由に更新が不許可となる可能性も十分にあります。
2. 更新申請を一時的に見送り、未納分を納付後に改めて申請する：
   • もし在留期限まで十分な時間があるのであれば、今回の更新申請を一旦見送り、従業員特別徴収の未納分を納付し、「未納がない」状態の納税証明書を取得してから改めて更新申請を行うことも検討できます。ただし、在留期限が迫っている場合は、この方法はリスクが高くなります。
3. 管轄の出入国在留管理局に事前に相談する：
   • 事前に管轄の出入国在留管理局に直接相談し、現在の状況と「未納なし（特別徴収分は除く）」の納税証明書で申請しても問題ないか、他にどのような書類が必要かなどを確認することが重要です。入国管理局の担当官の指示に従うのが最も安全な方法です。

結論と推奨される対応

最も推奨されるのは、可能な限り早急に従業員特別徴収の未納分を納付し、「未納がない」状態の納税証明書を取得して更新申請を行うことです。

もし、どうしてもすぐに納付が難しい場合は、「未納なし（特別徴収分は除く）」の納税証明書を提出する際に、詳細な理由書を添付し、具体的な納付予定日を明記した上で申請することになります。ただし、この場合でも不許可となるリスクがあることを理解しておく必要があります。

いずれにしても、速やかに管轄の出入国在留管理局に相談し、指示を仰ぐことが最も重要です。

在留期限までまだ時間がありますので、まずは未納分の早期納付に向けて最大限の努力をされることをお勧めいたします。